بنا بر گزارش‌های منتشرشده، محمد اسکندری در ۱۸ دی ۱۴۰۴ در جریان اعتراضات سراسری در شهرکرد زخمی شد و در ۴ بهمن ۱۴۰۴ بر اثر جراحات خود کشته شد. بر اساس اطلاعات دریافتی، ‫محمد اسکندری‬ در ۱۸ دی‌ماه در شهرکرد بر اثر اصابت تیر جنگی از ناحیه کتف، دست و پا به شدت مجروح شد و از همان روز در بیمارستان بستری بود. منابع نزدیک به خانواده اعلام کرده‌اند که وضعیت جسمانی او در روزهای پایانی رو به بهبود بوده، اما به‌طور ناگهانی جان باخته است. پس از فوت، نهادهای امنیتی با دریافت وثیقه‌ای ۴ میلیارد تومانی از خانواده، شرط کرده‌اند که مراسم خاکسپاری به‌صورت شبانه و محدود برگزار شود و خانواده علت مرگ را «بیماری» اعلام کنند. همچنین به خانواده گفته شده بود که بیش از ۱۵ نفر در مراسم شرکت نکنند.